一方面，這樣的免稅政策表面減輕了國家因為科研經(jīng)費撥款帶來的財政負擔。而在實際上，由于這種政策并不給予國產(chǎn)的科學儀器生產(chǎn)商，從而造成了進口儀器與國產(chǎn)儀器在市場上的不公平競爭，大大地損害了國產(chǎn)科學儀器的健康發(fā)展。

長期以來，人們觀念上總是有個誤區(qū)：即認為國產(chǎn)儀器制造成本上要比進口儀器來得低。這和實際情況嚴重不符。

另一方面，進口儀器起步早，經(jīng)過多年的研制，技術(shù)，工藝上比較成熟，許多儀器已經(jīng)沒有前期開發(fā)的費用。即便是新款儀器的迭代，也是從已有的儀器的基礎(chǔ)上改進，并不需要有許多的研發(fā)投入。

相反，國產(chǎn)儀器大多從零起步，一臺能滿足市場需求的儀器，往往需要有許多前期研發(fā)投入。無論是機械、電子，國內(nèi)供應商的制造能力和先進國家還存在在差距，許多部件的成品率還是比較低，造成了生產(chǎn)成本的上升。

毋庸諱言，目前國產(chǎn)儀器的一些關(guān)鍵部件，如質(zhì)譜儀中需要的分子泵、檢測器等，需從國外采購。而國外的供應商一方面把這些賣給中國客戶的部件的價格訂得比給本國的客戶要高，另一方面獲取這些部件還要通過他們在中國代理商的渠道，代理商再從中加價。

這也是國產(chǎn)儀器成本高的另一個重要原因。進口儀器的一些勞動密集型的制造，實際上許多也是在勞動力比較低廉的國家完成的。

所以，相比進口儀器，國產(chǎn)的儀器亦沒有勞動成本的優(yōu)勢。綜合而言，國內(nèi)目前科學儀器制造的成本，接近或高于進口儀器。

為了發(fā)展我國的科學儀器事業(yè)，政府采取的優(yōu)惠政策本應向國內(nèi)生產(chǎn)廠商傾斜。但遺憾的是，目前國內(nèi)進口儀器的這些免稅政策只給外國公司帶來利益。

考慮到免進口關(guān)稅，增值稅等，進口儀器的優(yōu)惠達到儀器價格的17%以上。外國公司為了打壓國產(chǎn)儀器，通常視情況已對國內(nèi)買家采取一些價格上的靈活策略。海關(guān)的免稅政策，等于在這價格上再打上個八折。而國產(chǎn)儀器卻要付清全部的稅收，國內(nèi)儀器公司可能的盈利空間大大地被擠壓。

以電感耦合等離子質(zhì)譜(ICP-MS)為例。目前國外三大生產(chǎn)商的的每臺價格在12萬美元左右，折合人民幣80多萬元。在免稅政策的優(yōu)惠下，這80多萬就是進口儀器供應商的實際收入。