當前這場與時間賽跑的新型冠狀病毒肺炎(Covid-19,以下簡稱:新冠病毒)世界“戰(zhàn)疫”,激發(fā)了全球科技公司的努力和協(xié)作。
2020年3月21日,美國食品藥品監(jiān)督管理局(Food and Drug Administration, FDA)緊急授權(quán)加利福尼亞Cepheid公司銷售一種快速檢測新冠病毒的新方法。Cepheid由Kurt Petersen、Allen Northrup等人創(chuàng)立于1996年,以其將基于微流控芯片的聚合酶鏈反應(yīng)(PCR)分析設(shè)備商業(yè)化而在MEMS領(lǐng)域聞名于世。對于Cepheid來說,這已經(jīng)不是其第一次迅速應(yīng)對生物(病毒/細菌)威脅。在2001年美國發(fā)生炭疽恐怖襲擊之后,Cepheid便率先向美國郵政(U.S. Postal Service)提供了一種快速檢測炭疽的方案,并且至今仍在使用。
目前所有新冠病毒測試方案的核心都是實時逆轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈反應(yīng)(實時RT-PCR)分析技術(shù)。簡單來說,實時RT-PCR利用熱循環(huán)擴增患者拭子樣本中存在的DNA,然后通過熒光檢測來搜尋病毒的特定基因組。
因此,這種測試首先需要了解病毒的基因組。中國科學家于2020年1月10日首次發(fā)表了對新冠病毒完整基因組測序的關(guān)鍵工作。病毒基因組確定了以后,一支德國研究小組僅花了7天時間便發(fā)布了第一個也是目前世界衛(wèi)生組織(WHO)正在采用的用于測試患者樣本的檢測方法。現(xiàn)在還有其它可能更快、更經(jīng)濟的病毒檢測方法正在研究,例如抗體檢測或CRISPR-Cas13檢測等。
傳統(tǒng)PCR需要數(shù)小時才能完成熱循環(huán)并得到檢測結(jié)果。此外,由于患者拭子樣本中的病毒載量可能較低,限制了DNA擴增,從而有可能導致大量假陰性。在應(yīng)對傳染性疾病暴發(fā)時,測試必須又快(理想的是在患者等待的幾分鐘內(nèi)就能完成)又準確,以防止陽性患者被漏檢,為其它健康人群帶來不必要的風險。
MEMS技術(shù)可以為PCR提供兩個重要優(yōu)勢:縮小尺寸,以及微流控集成。MEMS加熱器和反應(yīng)腔室的熱質(zhì)量很小,因此可以顯著加速熱-冷循環(huán),并在數(shù)分鐘內(nèi)迅速得到檢測結(jié)果。這種用于樣本和試劑處理的微流控集成已經(jīng)實現(xiàn)了大規(guī)模應(yīng)用的新技術(shù),例如數(shù)字PCR(dPCR)。
數(shù)字PCR方法利用微流體通道將患者的樣本分成很多微孔陣列或微滴乳液(后者稱為液滴數(shù)字PCR或ddPCR),獲得多個單獨的樣本。然后,對這些微量樣本進行并行PCR處理,聚合后獲得樣本中目標分子的總數(shù)。這種微觀并行處理顯著提高了檢測下限,從而提高了測試結(jié)果的準確性。
用于數(shù)字PCR的微流控腔室陣列
在2020年3月6日發(fā)表的一項由湖北自然科學基金資助的研究中,證明了與傳統(tǒng)PCR相比,基于MEMS和微流控的PCR技術(shù)在檢測新冠病毒中的優(yōu)勢。在這項研究中,液滴數(shù)字PCR(ddPCR)和傳統(tǒng)PCR一起用于測試患者樣本。初步研究的結(jié)果表明(尚待進一步臨床驗證),ddPCR的新冠病毒檢測閾值比傳統(tǒng)PCR閾值低500倍。這一結(jié)果意味著,在患者樣本中病毒載量可能較低的情況下,與傳統(tǒng)PCR相比,ddPCR更有可能準確檢測出陽性患者。
MEMS PCR芯片的開發(fā)始于1990年代初。勞倫斯利弗莫爾國家實驗室(Lawrence Livermore National Laboratory)的Allen Northrup研究小組于1993年發(fā)表了第一篇有關(guān)硅基PCR芯片的論文,該芯片最終于1996年許可給了Cepheid。數(shù)十年來,有關(guān)如何利用MEMS材料和方法制造新穎PCR芯片以及由硅、玻璃甚至塑料基材制成微型整體分析系統(tǒng)(uTAS)的研究一直在持續(xù)進行。
Northrup等人在勞倫斯利弗莫爾國家實驗室開發(fā)的第一款MEMS硅基PCR芯片(左),后來許可給了Cepheid;現(xiàn)在的Cepheid測試盒(右)(來源:Northrup MA, Ching MT, White RM, Watson RT, “DNA amplification in a microfabricated reaction chamber,” Transducers 1993, Yokohama, Japan. pp. 924–926.)
據(jù)麥姆斯咨詢報道,現(xiàn)在,學術(shù)研究人員正致力于利用微加工方法開發(fā)高度集成的低成本系統(tǒng),特別是針對即時檢測應(yīng)用。韓國電子通訊研究院(ETRI)和Genesystem的一支研究團隊開發(fā)了一種低成本的手持式PCR原型系統(tǒng),該系統(tǒng)具有聚酰亞胺腔室和微型加熱器以及用于結(jié)果光學讀出的集成CMOS圖像傳感器。
便攜式PCR原型剖面示意圖(左),包括腔室、加熱模塊和集成CMOS圖像傳感器;以及集成測試盒(右)(來源:DS Lee, OR Choi, and YJ Seo, “A Handheld and Battery-Powered Realtime Microfluidic PCR Amplification Device,” Transducers 2019, Berlin, Germany pp. 1063-1065.)